El Departamento de San Rafael, está formado por un relieve heterogéneo en el cual se destacan:
1- Las ALTAS CUMBRES CORDILLERANAS y las SIERRAS menores que constituyen el RELIEVE POSITIVO.
2- Las DEPRESIONES y LLANURAS de la Travesía del Este.
El relieve positivo referido al Oeste (límite con Chile) corresponde a la Cordillera de Los Andes, destacándose los siguientes Cerros:
SOSNEADO 5.169 metros
GUANAQUERO 4.841 metros
OVERO 4.619 metros
BLANCO 4.511 metros
LEÑAS 4.130 metros
MALO 4.069 metros
La Cordillera tiene en el SOSNEADO como el cerro más alto hacia el sur del continente americano. En otras palabras NO encontramos exponentes que lo superen hacia el sur del Atuel. El segundo relieve positivo de importancia, está conformado por el BLOQUE EXHUMADO SAN RAFAEL ó SIERRA PINTADA, que se extiende desde el Norte, Noroeste al Sur, sur oeste, conformando una cadena de sierras menores desde el río seco de Las Peñas en dirección al Nevado. Este relieve abarca la porción media del Departamento conteniendo un potencial en riquezas hidroeléctricas, mineras y diversos atractivos. Bordeando la Cordillera de Los Andes se destaca una faja angosta, el Piedemonte que inmediatamente se confunde con el relieve de depresión, llamado DEPRESION DE LOS HUARPES que se desarrolla de Norte a Sur.
Al norte del Diamante, se forma un relieve de particular atractivo en el cual la vegetación de transición pasa del monte xerófilo a la estepa de pastizales de altura. Al sur del Diamante la DEPRESION DE LOS HUARPES ofrece extensas llanuras de Junquillares con flora arbustiva. Al Oeste de San Rafael hacia el reborde de la Sierra Pintada se descubre una franja de Monte espinal que ofrece la Cuenca Desaguadero-Salado esta unidad constituye la zona de la Travesía.